工藤新一（小栗旬）在夜晚收到一封神秘的挑戰(zhàn)書，聲稱他的同學(xué)將在修學(xué)旅行的船上遭遇綁架，如果他無法保護(hù)所有人，就必須放棄“高中生名偵探”的稱號。原本對集體旅行興致缺缺的新一因此趕到學(xué)校，與小蘭（黒川智花）、園子（巖佐真悠子）及約三十名同學(xué)會合登船。航行伊始，新一便警惕地留意著代理班主任北島慎吾（ふかわりょう）、導(dǎo)游西田麻衣（水川あさみ）、船長東邦夫（松重豐）和船員南田恭介（西村和彥）等人的動向。然而園子仍在眾人不知不覺間突然失蹤。正當(dāng)新一著手調(diào)查卻毫無線索時，他又接到了新的綁架預(yù)告電話。